Web of Science 核心合集采用独一无二的期刊遴选流程：我们的编辑决定均由我们的专业内部编辑来做出，他们与出版社或研究机构不存在任何隶属关系，从而避免了任何潜在的偏见或利益冲突。
每位编辑都专注于某个特定的学科类别，这使得他们对该领域期刊拥有了深入而细致的了解。这一层面的内部编辑整理与用于创建其他数据库的方法形成了鲜明对比，后者主要依靠算法和/或将编辑决策的各方面工作委托给科研社区。
我们选择流程的基本原则始终保持不变：客观性、选择性和动态性。我们使用一组 28 项标准来评估期刊；这些标准又分为用于选择期刊级别的编辑严谨性和最佳实践的 24 项质量标准，以及四项影响力标准，用于利用引文活动作为影响力的主要指标来选择各自领域中最具影响力的期刊。
符合质量标准的期刊将被收录在 Emerging Sources Citation Index (ESCI) 中。符合其他影响力标准的期刊将根据其学科领域被收录在 Science Citation Index Expanded (SCIE)、Social Sciences Citation Index (SSCI) 或 Arts & Humanities Citation Index (AHCI) 中。
这些都是需要不断整理的动态合集，以确保期刊被收录到适当的合集中。影响力上升的 ESCI 期刊会转入 SCIE、SSCI 或 AHCI。而影响力下降的 SCIE、SSCI 和 AHCI 期刊又会转入 ESCI。任何不符合24项质量标准的期刊都将从 Web of Science 核心合集中清除。
如果ESCI中某些期刊的引文活动表明其可能满足影响力标准，则无论上次评估发生在什么时间，我们都将重新评估其是否可以被收录到SCIE、SSCI或AHCI中。我们当前的策略是重新评估Web of Science核心合集相关类别所对应的影响力位居前半部分的ESCI期刊。此流程将首先对期刊质量进行重新评估，其次是影响力。如果同时满足质量和影响力标准，则期刊将移至核心合集。 Web of Science编辑团队在上半年着重于新的期刊评估，下半年则致力于重新评估，同事对收录的期刊不断进行质量评估。
如果经用户反馈或我们内部编辑团队的监测发现索引期刊存在任何问题，我们都将根据我们的遴选标准对期刊对其进行重新评估。如果期刊发表的内容质量受到极大质疑，我们在对其进行重新评估的过程中将不对其新内容进行索引。评估完成后，我们将把结果告知出版商，期刊将：
- 如果不再符合我们的质量标准，则将不再收录；
- 或如果仍符合我们的质量标准，则保持收录。
如果该期刊符合质量标准，我们将对缺失的该期刊内容进行索引。如果该期刊不再被收录，则不会再追加内容。在严重违反了我们期刊遴选标准的情况下，已发布的内容可能会从Web of Science™中剔除。完成重新评估的时间将取决于具体情况。
期刊
- Science Citation Index Expanded (SCIE)：临床、自然和应用科学
- Social Sciences Citation Index (SSCI)：社会科学
- Arts & Humanities Citation Index (AHCI)：艺术和人文
- Emerging Sources Citation Index (ESCI)：所有学科
书籍
- Book Citation Index (BKCI)：所有学科
会议论文集
- Conference Proceedings Citation Index (CPCI)：所有学科